感染恰加斯病后及时治疗，是可以治愈的，主要为短期治疗。感染早期使用硝基呋喃胺进行治疗有一定的疗效。
一、药物治疗
恰加斯病的有效治疗药物为硝呋莫司或苄硝唑，急性期、隐匿期和慢性期应采取对症治疗。
1、感染早期可以服用硝基呋喃胺类或硝基咪唑类衍生物治疗有一定疗效，可使用苄硝唑和硝呋替莫治疗恰加斯病，可有效杀灭体内恰加斯虫。
2、孕妇或者肾或肝功能衰竭者不应使用苄硝唑和硝呋替莫。
二、手术治疗
该疾病一般无需手术治疗。
三、其他治疗
1、巨食管：可使用硝酸盐或者硝苯地平使食管下括约肌松弛，早期可行球囊扩张术，但需要多次进行才能改善症状；较重的患者可行外科手术，在内镜下切开肌肉，缓解吞咽困难的症状。
2、巨结肠：可通过灌肠、饮食疗法、中西医结合治疗，以缓解便秘症状。