肛瘘伤口大多深达肌层，伤口都比较深，愈合时间大约需要4-6周，肛瘘切口的愈合过程大致分为三个阶段：
1、坏死脱落期，在手术中电刀等医疗器械的使用，会造成切口内局部热损伤，在术后一周之内损伤的组织会出现坏死脱落。
2、肉芽快速生长期，从第二周开始切口内会从底部快速的生长新鲜的肉芽，直至填满整个切口。
3、皮肤愈合期，肉芽填满切口时，肛门周围切口皮肤就会出现愈合。肛瘘术后患者出院后也应该定时回医院复诊，以了解切口的愈合情况，防止假性愈合的产生。