矮小症的并发症包括低血糖、小阴茎、颅内压增高和视神经受压迫等。
1、低血糖：如有促肾上腺皮质激素（ACTH）缺乏者容易发生低血糖。患者表现为苍白、气促、发呆等症状。
2、小阴茎：伴有促性腺激素缺乏者性腺发育不全，出现小阴茎（即拉直的阴茎长度小于2.5cm），到青春期仍无性器官和第二性征发育等。
3、颅内压增高和视神经受压迫：颅内肿瘤则多有头痛、呕吐、视野缺损等颅内压增高和视神经受压迫的症状和体征。