肛门直肠瘘主要表现为瘘管口流脓、流液、肛周疼痛、排便不畅、瘙痒等症状，也可导致全身症状。
1、流脓：瘘外口流出少量脓性、血性、黏液性分泌物为主要症状。多为脓液，脓液多少与瘘管长短、多少有关，新生瘘管流脓较多，分泌物刺激皮肤而瘙痒不适，当外口阻塞或假性愈合，瘘管内脓液积存，局部肿胀、疼痛，甚至发热，以后封闭的瘘口破溃，症状方始消失。由于引流不畅，脓肿反复发作，也可溃破出现多个外口。较大较高位的肛管直肠瘘，常有粪便或气体从外口排出。较大的高位肛管直肠瘘，因瘘管位于括约肌外，不受括约肌控制，常有粪便及气体排出。由于分泌物的刺激，使肛门部潮湿、瘙痒，有时形成湿疹。当外口愈合，瘘管中有脓肿形成时，可感到明显疼痛，同时可伴有发热、寒颤、乏力等全身感染症状，脓肿穿破或切开引流后，症状缓解。上述症状的反复发作是瘘管的临床特点。
2、疼痛：瘘管通畅无炎症时常不感疼痛，只感觉局部发胀和不适。当瘘管感染或脓液排出不畅而肿胀发炎时，可引起疼痛，行走时疼痛加重。内瘘时常感到直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时感到疼痛。
3、瘙痒：由于脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉瘙痒、肛周潮湿不适、皮肤变色、表皮脱落、纤维组织增生和增厚，有时形成湿疹。
4、排便不畅：复杂性肛管直肠瘘口久不愈，可引起肛门直肠周围形成大的纤维化瘢痕或环状的条索，影响肛门的舒张和闭合，大便时感到困难，有便意不尽的感觉。