患者需尽早就医，医生需要依据患者既往病史、表现及检查结果综合分析，制定治疗方案，可以通过一般治疗、药物治疗等方法进行治疗，并对疾病进展情况进行日常监测，细菌性结膜炎患者及高发人群或家属应接受健康宣教。
一、一般治疗
1、注意休息，避免用眼过度，保证充足的睡眠。
2、增强体质，补充营养。
3、注意用眼卫生，不用脏手揉眼睛。
4、疾病早期可以对眼部进行冰敷，以缓解不适感。
二、药物治疗
1、局部治疗：
（1）当患眼分泌物多时，可用无刺激性的冲洗剂，如3％硼酸水或生理盐水冲洗结膜囊。冲洗时要耐心操作，避免损伤角膜上皮，冲洗液勿流入健眼，以免造成交叉感染。
（2）局部充分使用有效的抗生素滴眼剂和眼药膏，急性阶段每1~2小时一次。目前常使用氨基糖苷类或喹诺酮类药物，如0.3％妥布霉素、1％阿奇霉素、0.3％氧氟沙星、0.3％加替沙星以及0.3％~0.5％左氧氟沙星滴眼剂或眼药膏。耐药性葡萄球菌性结膜炎可使用5mg/ml万古霉素滴眼。慢性葡萄球菌性结膜炎对杆菌肽和红霉素反应良好，还可适当使用收敛剂，如0.25％硫酸锌滴限剂。
2、全身治疗：
（1）奈瑟菌性结膜炎应全身及时使用足量的抗生素，肌注或静脉给药。淋球菌性结膜炎角膜未波及，成人大剂量肌注青霉素或头孢曲松钠，如果角膜也被感染，加大剂量。青霉素过敏者可用大观霉素。除此之外，还可联合口服阿奇霉素或多西环素，或喹诺酮类药物。
（2）新生儿用青霉素G或用头孢曲松钠、头孢噻肟钠静注或肌注。
（3）脑膜炎球菌性结膜炎可引起脑膜炎球菌血症，必须联合全身治疗。脑膜炎球菌性结膜炎可静脉注射或肌注青霉素，青霉素过敏者可用氯霉素代替。有患者接触史者应进行预防性治疗，可口服利福平。
（4）流感嗜血杆菌感染而致的急性细菌性结膜炎或伴有咽炎、急性化脓性中耳炎的患者，局部用药的同时应口服头孢类抗生素或利福平。
（5）慢性结膜炎的难治性病例和伴有酒渣鼻患者需口服多西环素持续数月。
三、手术治疗
细菌性结膜炎一般无需手术治疗。