真菌中毒症最常见的病因是因消化道摄入污染食物而引起中毒。此外，还可以通过皮肤黏膜的吸收、呼吸道吸入真菌毒素而发病，此病好发于儿童。
一、主要病因
1、消化道摄入：因粮食污染而引起真菌毒素中毒爆发已经极少见，但儿童由于误食污染食物导致的中毒近年来呈增高趋势，毒素进入体内后，在消化道内生长繁殖，从而出现一系列中毒症状。
2、皮肤粘膜吸收：真菌毒素偶尔也可经皮肤粘膜进入体内，造成真菌中毒症。
3、呼吸道途径：如念珠菌、曲霉菌、球孢子菌、隐球菌等。其中以白色念珠菌最常见，当机体抵抗力降低或菌群失调时，白色念珠菌将条件性致病，致病力较强。其次是曲霉菌，感染的途径主要是呼吸道，肺是最常见的病变部位。此外社区获得性的肺部真菌感染日益严重。
二、诱发因素
长期应用广谱抗生素、糖尿病、大量应用免疫抑制剂以及接受大量雌激素治疗等。导致机体免疫力低下，造成真菌机会性感染。