先天性小眼球合并眼眶囊肿是胚裂闭合不全，神经上皮增殖通过开口，导致眼眶囊肿形成，此前部分内陷的视泡可以进一步发育形成小眼球，与遗传和基因突变有关系。本病自幼发病，多见于婴幼儿。
先天性小眼球合并眼眶囊肿遗传因素和环境因素共同参与其发病。
1、遗传因素：不同小眼球家系的致病基因位于不同的染色体区域，提示小眼球致病基因非常复杂，可能涉及多个基因。
2、环境因素：环境因素对该病的外显率也有一定影响。