肠胃紊乱其原因分为器质性原因和功能性原因，器质性的几个原因可以见于临床上很多胃肠道疾病，包括炎症性疾病以及肿瘤性疾病等。炎症性疾病最常见，包括急性肠胃炎、慢性胃炎等，这一类疾病需要针对病因进行治疗，针对病原体，如幽门螺杆菌以及感染肠道的细菌等。
功能性的原因主要是功能性消化不良、功能性胃肠道疾病，这一类疾病建议要生活规律、劳逸结合、三餐要定时，在饮食上避免生冷、刺激的食物对胃肠道刺激。此外，要情绪放松，避免过大压力。如果症状还是不能缓解，可借助调节肠道功能的药物，如匹维溴铵、曲美布汀以及益生菌等。