卵巢囊肿的治疗方案取决于患者的年龄、囊肿大小和类型，在治疗时，需要根据患者的实际情况以及自身意愿，选择合理的方式进行治疗。
一、保守治疗
绝大多数生理性卵巢囊肿即使在未经治疗的情况下，会在几个月经周期后自行消退，患者无需太担心。在囊肿发生破裂，但出血量较小时，可采取保守治疗，采用止血、抗感染、卧床静养、输液等。治疗期间医生会注意监测患者血压、心率等生命体征。
二、药物治疗
对于尚无手术指征的卵巢囊肿，可采取中西药物保守治疗。如为内膜样囊肿，可囗服短效避孕药；如怀疑为炎症性囊肿，可囗服抗生素或中药活血化瘀。
三、手术治疗
如果未出现症状表现，可先进行观察。如果是卵巢囊肿较大，如5厘米以上甚至更大者；卵巢囊肿为实质性；绝经后出现卵巢囊肿并伴随腹痛、下腹坠胀不适症状的患者，建议进行手术切除囊肿。
1、输卵管卵巢切除术：治疗良性卵巢囊肿，该手术适合年龄比较大，一般用于绝经或者45岁以上的女性患者。
2、卵巢囊肿切除术：一般应用于绝经前比较年轻的女性患者。如果卵巢囊肿手术后发生了粘连‍‍很有可能会导致不孕不育，所以在手术前患者需要权衡一下对生育的影响。
3、腹腔镜手术：相比于剖腹，腹腔镜手术的优点较多，如创伤较小、对患者影响小、术后恢复快、手术瘢痕小等，腹腔镜手术适用于囊肿较小的患者。