呼吸道支原体感染通常没有临床症状，有典型支原体肺炎临床表现的患者，约占10%左右。对于支原体感染，通常首先表现为急性上呼道感染症状，随之出现中低度发热(在39度以下)，可持续1-2周随后出现咳嗽。
咳嗽表现为阵发性、顽固性的刺激性干咳，影响患者活动以及睡眠。随后可能出现白色黏痰或少量脓性痰，偶尔也见到痰中有少量的血丝。
咳嗽的临床症状在患者发热等其他的症状消失后，可以持续两周以上。部分患者也会以咽炎、支气管炎以及骨膜炎的形式出现。对于支原体感染，肺部一般无临床体征。