巧克力囊肿需要依据每个人的具体情况来决定处理方式，如果囊肿比较小，没有明显的痛经，有生育要求的年轻女性，一般可以观察，定期复查即可。
如果囊肿比较大，比如大小超过5cm，或者有明显的痛经、腹痛，甚至是大便疼痛等情况，一般建议患者手术治疗。手术后再依据年龄大小、生育需求等决定后续的处理和用药方式。如果包块不大，有痛经症状，暂时没有生育要求的女性，可以采用药物治疗，比如避孕药或者中成药。