轻微的新生儿先天性巨结肠通过及时治疗后是可以被治愈的；但若病情较严重，且一直没有得到处理，想要彻底治愈会有一定困难，部分患者甚至可能会引发小肠结肠炎、营养不良等并发症的出现。在治疗方面主要是采取手术进行，通过采用巨结肠根治手术来解除症状，从而使得重肠道重新恢复连续性。先天性巨结肠的形成多数是与遗传等方面有关。