预防鼻咽癌发生的最好方法，是针对造成鼻咽癌发生的原因进行预防。EB病毒感染是鼻咽癌发生的高风险因素，因此要尽量避免病毒感染。咸鱼、腌制的食物也造成鼻咽癌的高发，因此，在饮食上尽量减少这类食品的长期摄入。一些微量元素也与鼻咽癌的高发有关系，例如：水中或食品中过高的微量元素镍，可导致鼻咽癌高发。此外，对于有家族性鼻咽癌病史的人群要做好每年的筛检工作。