对于肛周脓肿的治疗，要选择手术治疗。手术方式是肛周脓肿切开引流术，也就是把脓肿切开，将脓液进行充分引流。同时，要清除脓腔内的坏死组织，分开脓腔后将脓腔彻底冲洗干净。
肛周脓肿的发生往往是由于肛窦的感染，穿透直肠壁引起的。因此，肛周脓肿患者进行手术时，需要探查是否有肛瘘的存在。如果有肛瘘的存在，往往需要进行肛瘘切开术。如果肛瘘的位置比较高，手术过程中需要选择进行肛瘘挂线术。