流感反复发烧39度，首先患者要及时的进行降温处理。可以服用退热药，比如扑热息痛或者布洛芬。也可以配合温水擦浴等物理降温。同时患者注意多喝水，勤排尿，促进毒素排出，也有利于补充水分。流感大多是由于病毒感染导致的，可以服用清热解毒类的中成药，也有可能合并细菌的感染。患者最好是去医院通过血常规检查，明确诊断，再针对性地给予治疗。