肛门疼痛和月经周期一般没有直接的关系，对于肛门疼痛，首先要注意在肛门附近是否出现了一些炎症性改变，比如肛裂、肛周脓肿或者是肛瘘等。对于这些炎症性病变，大多除疼痛之外，还会在肛门附近看到红、肿、热、痛等炎症状态。如果明确为肛周的脓肿，一旦脓肿形成，就应及时进行切开引流。
如果是肛瘘主要的症状是迁延不愈的脓肿和反复的发作脓肿，对于这种情况只有将瘘管完整切开，使新生的肉芽组织由内向外的生成，肛瘘才能最终愈合，肛门的疼痛也会自然消失。