打了HPV疫苗以后脸上的扁平疣不一定会消失，因为扁平疣上虽然也是人乳头瘤病毒感染所引起的，但是人乳头瘤病毒有很多的亚型，其中引起扁平疣的亚型，比如3型等并不在HPV疫苗所包含的范围之内，所以打这个疫苗并不能对扁平疣起到治疗作用。
打的HPV疫苗也叫宫颈癌疫苗，包括二价疫苗、四价疫苗、九价疫苗等，主要是针对宫颈癌高危型的HPV，比如16、18型，还包括低危型的6型、11型，主要是对引起尖锐湿疣的HPV起到预防作用。扁平疣不是由HPV亚型所引起的，所以打HPV疫苗对于扁平疣本身并没有治疗作用，扁平疣并不会因此而消失，所以还需要通过抗病毒的药物或物理疗法来进行治疗，扁平疣才会消失。