芽孢杆菌是一种过路菌，也就它并不是长期的定植在肠道里而起作用，而是由于消耗肠道里的养分，营造出压氧的状态。
有利于肠道的厌氧菌等正常菌群的生长，比如双歧杆菌、乳杆菌的生长，从而对致病菌如葡萄球菌、大肠杆菌等致病菌起到抑制作用，从而维护肠道菌群的平衡。
地衣芽孢杆菌主要适用于急、慢性肠炎腹泻的治疗，特别是由于服用广谱抗生素，也就是老年人用抗生素后引起的腹泻，运用地衣芽孢杆菌可以改善肠道菌群的失调，从而能很好的预防和治疗抗生素相关性腹泻。