脑干梗死部分患者可完全恢复正常，不遗留明显的神经功能缺损症状，还有部分较为严重的脑干梗死，则不能完全恢复正常，会遗留明显的后遗症。
脑干梗死的恢复情况和梗死的面积大小以及患者的年龄、发病危险因素等密切相关，脑干梗死通常致残率在50%左右，有部分脑干梗死患者，可遗留肢体的偏瘫、麻木等症状。还有部分可表现为闭锁综合征等，患者可出现四肢瘫痪、不能讲话，但意识清楚，能随意睁眼、闭眼，可通过睁眼、闭眼或眼球垂直运动来表达自己的意愿。