青霉菌病首选药物治疗控制感染，避免感染扩散累及全身，对于有心脏瓣膜损害的患者需早期手术治疗。本病的治疗周期约为6~8周，常用的药物有两性霉素、酮康唑、糖皮质激素。
一、药物治疗
1、两性霉素：是治疗青霉菌病的一线药物，可有效抑制青霉繁殖，但两性霉素可引起严重的不良反应包括肾毒性，电解质紊乱，过敏反应等。肝肾功能不全、过敏体质者禁止服用。新的脂质体两性霉素制剂引入可减少不良反应。
2、酮康唑：属于抗真菌药物，可有效抑制青霉繁殖。通过对真菌进行杀伤有效治疗皮肤损害。急慢性肝病患者、有肝病史者对该品过敏者禁用。
3、糖皮质激素：临床常用泼尼松、地塞米松等，有强大的抗炎、抗免疫、抗敏作用，可与抗真菌药物同时使用，多短期应用，能快速缓解皮肤症状。常见副作用包括脂代谢异常、内分泌紊乱、骨质疏松等。在使用过程中注意皮肤防晒。
二、手术治疗
心脏瓣膜赘生物切除术：适于合并心脏瓣膜感染患者，有赘生物形成者需早期进行切除，避免赘生物脱落导致栓塞，术后注意抗感染治疗，多数患者在术后可有效缓解心脏杂音症状。