小儿生长激素缺乏症，主要的病因包括以下几个方面：首先是原发性的生长激素缺乏，见于一些遗传性的疾病，比如脑结构异常，颜面中线发育异常，基因的缺陷，下丘脑垂体发育不良，下丘脑垂体功能障碍等等，这些都可以导致生长激素缺乏。其次继发性生长激素缺乏症，可以见于下丘脑的肿瘤，损伤颅内的感染，浸润性的病变，暂时性的垂体功能减退，或者是环境精神和心理的创伤。