黏膜皮肤淋巴结综合征的并发症包括冠状动脉瘤、心脏疾病、全身并发症等。
1、冠状动脉瘤：是川崎病中最严重的并发症，有近20%-25%的患儿有冠状动脉畸形，包括弥漫性扩张和动脉瘤。冠脉的扩张最早在平均发病10天时即可被发现，在起病4周后是发现冠脉病变的高峰，动脉瘤呈囊状或纺锤状。
2、心脏疾病：可于疾病的1-6周出现心肌炎、心包炎、心内膜炎、心律失常。
3、全身并发症：可有间质性肺炎、无菌性脑膜炎、消化系统症状（腹痛、呕吐、腹泻、麻痹性肠梗阻、肝大、黄疸等）和关节肿痛以及视力障碍等。