外阴基底细胞癌以手术治疗为主。术式可采用病灶局部广泛切除，不需要做外阴根治术及腹股沟淋巴结清扫术。对病灶广泛的，应作外阴广泛切除手术，凡累及尿道或者是阴道肛门的，应做相应部分的切除，如果怀疑腹股沟淋巴结转移，应该做活体检查，如果证实有转移，需要做腹股沟淋巴结清扫手术。另外可以放射治疗，基底细胞癌对放疗敏感。但由于外阴部正常的皮肤对放射线耐受性差，治疗时容易引起难以耐受的合并症，比如说外阴放射性炎症，溃疡和疼痛，所以这种方法适用于早期单纯的基底细胞癌。另外也可以抗癌治疗，目前所有的抗癌药对基底细胞癌疗效都不好，但对较晚期的病例，抗癌化疗可以作为综合治疗的一种补充手段。