一侧肾萎缩的原因很多，比如一侧肾脏先天发育不良，或者一侧肾动脉年轻时发生动脉炎，导致肾动脉狭窄、肾脏缺血萎缩，而老年常见的原因是肾动脉粥样硬化、狭窄、缺血、萎缩。
当然，肾结核、严重的肾外伤、肾结石等也可能萎缩，如果是先天肾脏发育不良，由于代偿的原因，对侧的肾脏往往增大。如果是肾动脉硬化狭窄的原因，对侧肾脏一般不会增大，对侧肾脏，肾小球滤过率不会增强，甚至也略有缩小。