肛瘘手术后复发的几率挺高，肛瘘主要是肛肠科的一种常见病和多发病，主要是肛门、痔疮和外界通过窦道进行联通，通常会有外口和内口，外口会有脓液或者渗出液流出。得了肛瘘以后，绝大部分肛瘘保守治疗无效，通常都需要手术治疗。如果手术的医生经验不足，选择的手术方法也不当，手术失败的几率就很多，通常就是不能正确的找出肛瘘的内口，不能正确的处理内口以及处理外口和窦道，这都是容易引起肛瘘复发很重要的原因。
得了肛瘘以后一定要选择经验丰富的医生，或者是选择做手术比较多、经验丰富、技术水平相对高的医院或者专科医院来进行治疗。肛瘘手术以后换药的情况也非常重要，因为医生每天在换药的时候可以观察伤口愈合的情况，防止有假性愈合或者其它引起复发的潜在因素。通过换药，都能及时的发现和处理，减少肛瘘手术后复发的概率。另外肛瘘的复发还和患者本身具有的内科疾病，比如克隆氏病、溃疡性结肠炎等等也有关系。这些需要医生在临床当中引起足够的重视，得到充分的治疗以后可以降低复发的概率。