绝大部分肛瘘属于肛周脓肿引起，肛周脓肿由于肛门周围发生炎症，进一步化脓，甚至局部肿胀破溃。肛周脓肿破溃后，出现瘘口，通过肛门周围皮肤和肛门直肠里边内口相通，炎症慢慢吸收后，内口和外口继续相通情况下，会形成肛瘘。

如果肛周脓肿通过消炎对症处理后，慢慢吸收，肿块变小，不会形成肛瘘。但是如果肿块比较大，局部破溃成脓，破口流脓后，外口和肛门直肠里边内口相通情况下，会形成肛瘘。