泌尿生殖系统血吸虫病的病因明确，治疗原则主要是抗血吸虫治疗，以药物治疗为主，如并发器质性疾病时，必要时采取手术治疗的方式。治疗周期主要是根据患者的具体病情及治疗方案而定。
一、一般治疗
高热、中毒症状严重者要给予补液、保证水和电解质平衡，加强营养及全身支持疗法。合并其他寄生虫者应先驱虫治疗，合并伤寒、尿路感染者均应先抗感染治疗后，再使用吡喹酮治疗。
二、药物治疗
1、吡喹酮：吡喹酮的毒性小、疗效好、给药方便、适应症广，可用于各期各型血吸虫病患者，是目前用于治疗埃及血吸虫病最有效的药物，吡喹酮对血吸虫各个发育阶段均有不同程度的杀虫效果。本品毒性较低，对心血管、神经、造血系统及肝肾功能无明显影响。
2、头孢哌酮舒巴坦：高热、中毒症状较重者，给予抗感染治疗，常用的是头孢哌酮舒巴坦，可用于治疗上、下泌尿道感染，可用于治疗尿道炎、盆腔炎、子宫内膜炎、淋病和其他生殖道感染，对青霉素、头孢类抗生素过敏者禁用。
三、手术治疗
手术治疗主要针对埃及血吸虫病泌尿生殖系的并发症，常见的如输尿管扩张术、输尿管膀胱吻合术、膀胱全切除术、结肠代膀胱术、经尿道行膀胱颈切开术等：
1、输尿管扩张术：输尿管壁段狭窄者可经膀胱镜扩张或行输尿管口切开，缓解尿路梗阻的并发症。
2、输尿管膀胱吻合术：输尿管膀胱吻合术适用于输尿管发生损伤的患者，若输尿管损伤的部位很低，不能施行输尿管-输尿管吻合术，则可将输尿管与膀胱进行吻合，恢复其排尿通道。
3、膀胱全切除术：晚期泌尿生殖系统血吸虫病患者可能会出现膀胱癌等严重的并发症，此时要根据肿瘤的部位、性质、分期等，采取合适的手术方法，进行早期切除。
4、结肠代膀胱术：结肠代膀胱术主要的适应症是需要进行膀胱全切除的患者，主要的手术步骤是截取肠管经抗生素溶液灌洗清洁后，用可吸收缝线关闭肠管两断端，切除或多处切断结肠带，形成盲结肠贮尿囊。
5、经尿道行膀胱颈切开术：经尿道行膀胱颈切开术主要是针对尿道狭窄或输尿管梗阻的患者，可以起到改善症状、预防并发症的效果。