房间隔缺损是因为胎儿心脏在母体宫内发育不完善，在胚胎发育期心房间隔上残留未闭的缺损。胎儿心脏的发育受遗传因素和环境因素的影响，如染色体异位、畸变；宫内感染、孕母早期（妊娠前3个月）接触放射线、患有代谢紊乱性疾病、缺氧以及药物、有毒物质的影响等等均可导致胎儿心脏发育不良。房间隔缺损占先天性心脏病总数的5%-10%。