软骨黏液样纤维瘤首选手术治疗。治疗的目的是除病灶，减少局部复发机会和保留关节功能。手术方法根据肿瘤部位、病灶大小和骨破坏程度采取不同的手术方法，其他治疗还包括药物治疗。
一、药物治疗
1、止痛药：如布洛芬，可以缓解软骨黏液样纤维瘤而引起的疼痛。布洛芬禁用于对非甾体类药物过敏的患者，严重肝肾功能不全或者严重心衰的患者禁用，既往有非甾体类抗炎药治疗相关性上消化道出血或穿孔史的患者禁用。
2、治疗肌肉萎缩的药物：利鲁唑片和三磷酸腺苷二钠，都可用于治疗肌肉萎缩。利鲁唑片在使用过程中要注意定期检查肝功能，服用药物过程中禁止过度饮酒。其常见不良反应为疲劳、胃部不适，血浆转氨酶水平增高。三磷酸腺苷二钠对窦房结有明显的抑制作用，慎用于房窦综合征、窦房结功能不全者。静注时宜缓慢，以免引起头晕、头胀、胸闷及低血压等。
二、手术治疗
1、单纯局部病灶刮除术：适用于很小的软骨黏液样纤维瘤，可直接将肿瘤彻底刮除，但容易复发，术后复发率高达22%。较大的软骨黏液样纤维瘤不宜单用该术式，术后可出现术后软组织内种植的并发症。一般较少使用该术式，首先在病变部位做一大的骨皮质窗，骨窗必须至少与病灶同样大。如骨窗较病灶小，不可避免地在附近皮质的下面遗漏残留的肿瘤组织。肿瘤瘤体用大刮匙刮除，接着用动力磨钻在骨腔的各方向研磨扩大到正常骨组织。最后充分冲洗骨腔及切口，以去除全部骨碎屑及肿瘤细胞。此为单纯刮除术的最低要求。
2、病灶刮除术加植骨术：局部刮除与植骨术的联合手术，比单纯局部刮除术的复发率低，可减少复发的危险。
3、广泛局灶切除或整块切除术：扩大刮除术包括使用辅助性治疗，诸如液氮、苯酚、聚甲基丙烯酸甲酯或热烧灼术以扩大杀伤肿瘤细胞，从而进一步降低软骨黏液样纤维瘤的复发率。手术过程中在破坏严重侧或非负重区开窗彻底刮除病灶，均予以高速磨钻去除瘤骨，并行酒精浸泡烧灼瘤壁。对于肿瘤骨破坏<50%没有超过半侧髁的单纯骨水泥填充；对病灶较大位于干骺端，关节软骨下骨皮质完整的患者，予以软骨下骨植骨水泥同时辅以内固定术后可早期负重。
4、截肢术：截肢术适用于肢体的恶性肿瘤。如软骨黏液样纤维瘤发生恶变，应当早期进行高危截肢，病程早期，病变局限于骨内，无远距离转移者可以考虑肿瘤段切除，远端肢体再植。截肢术会给病人带来严重的精神和肉体上的创伤，术前应当解释采取截肢术的原因、必要性，以及后续生活等方面的情况，做好病人及家属的思想以及心理工作。
5、病灶刮除骨水泥填充术：操作简单、并发症少、不影响骨强度，是外科治疗软骨黏液样纤维瘤的一种有效可行的方法，其作用是利用骨水泥填充，有效减少大面积肿瘤刮除后的不良反应，降低复发率。刮除术中应注意病灶处骨窗要充分打开，显露出病灶上下极，便于在直视下刮除病灶各个角落，尤其是内壁骨嵴间。骨水泥在聚合过程中释放的热量和未聚合的甲基丙稀酸甲酯单体可使囊壁内的肿瘤细胞坏死，并可以填充病灶和支撑骨质，降低局部复发率。行病灶刮除时，用刮匙彻底刮除病变的硬化壁，用电动磨钻磨除病变外骨质直至正常骨质，并进行酒精灭活瘤壁。对于病灶刮除后存在较大骨缺损，采取骨水泥复合异体骨粒填充内固定。手术保证最大限度地去除肿瘤细胞，降低局部复发的危险，同时又因为骨水泥的强度作用，保证患者可以早期负重，而且利于观察病变是否复发。病灶清除后是否复合内固定治而且利于观察病变是否复发。病灶清除后是否复合内固定治疗，主要取决于肿瘤病灶大小，内固定治疗的目的是防止出现病理性骨折，并保证术后早期的功能锻炼，进而保证肢体的良好功能。
三、放射治疗
软骨黏液样纤维瘤不宜放疗，术后放疗可能会大大提高肿瘤恶变几率，软骨黏液样纤维瘤可经放射治疗后转变为肉瘤。