对于非淋菌性尿道炎的患者，首先应该是取一部分尿道分泌物进行病原体检查，同时做药敏试验，可以发现是由于何种病原体导致的尿道炎，同时可以发现何种药物对于该种病原体治疗较为敏感。通常导致非淋性尿道炎的病原体是人型支原体和解脲支原体。治疗上，通常以四环素类抗生素以及大环内酯类抗生素为主。通常治疗时间不短于2周。在停止治疗1周后复查尿道分泌物的支原体培养。