病程超过两个月以上的腹泻，或者反复发作间歇期在2~4周之内的腹泻，称为慢性的腹泻。慢性腹泻可能和肠道慢性的炎症、胃肠功能紊乱以及患有糖尿病、甲亢等有关。可以服用肠炎宁、双歧杆菌三联活菌、补脾益肠丸等药物进行治疗。长期的水样大便，可以用一些止泻药如蒙脱石散，糖尿病病人要控制好血糖，甲亢导致的腹泻，可以服用甲巯咪唑等药物。