扁平疣如果选用外用药膏，治疗效果还是比较不错的。外用药膏一般包括咪喹莫特乳膏、阿昔洛韦软膏等等这几种药膏是比较常见的，效果也不错。同时也可以配合口服药进行治疗，比如口服转移因子口服液，可以很好的提高患者的自身免疫力，对治疗和预防扁平疣的发生和传染都有很大的帮助。
在日常生活中也有偏方可以治疗扁平疣，如可以用醋把咸鸭蛋放入醋中，泡2周以后等蛋壳软化之后膨胀取出，3粒挑破其中的软化膜，取出蛋黄，用无菌的棉签蘸蛋清，涂抹在扁平疣上，每天2-3次可以将扁平疣去除。如果外用药膏及生活上的用法效果不明显，也可以到激光进行手术或者是激光治疗。