患有肛瘘的患者主要症状有，肛门外口经常有少量脓性分泌物溢出、肛门瘙痒、肛门肿痛不适，有的可以伴有排便困难、贫血、身体消瘦精神萎靡等。在肛门外可以看到一个或多个外口，这个口经常是不闭合的，呈乳头状或肉芽组织隆起，挤压有少量脓液或脓血排出。如果外口闭合，局部会出现肿痛类似肛周脓肿症状。一旦诊断为肛瘘则不能自愈，手术是治愈该病的唯一方法。