骨的恶性纤维组织细胞瘤的治疗关键在于早期发现、及时治疗，要获得理想的效果则取决于治疗的正确性和彻底性。治疗以手术为主，配合术前、术后化疗及术后放疗等综合治疗。
一、药物治疗
使用药物(环磷酰胺、甲氨喋呤、阿霉素、顺铂等)来杀死肿瘤细胞，达到控制病情的目的。辅助化学治疗手段在横纹肌肉瘤、骨肉瘤以及尤文氏肉瘤的治疗中已取得良好效果，但是在其他成人软组织肿瘤中的应用价值尚存在质疑。由于本病患者多发生于中老年人，应用化疗药物的风险高，疗效尚未肯定，所以大大限制了化疗药物在骨的恶性纤维组织细胞瘤患者中的应用。
二、手术治疗
手术治疗作为本病的主要治疗方式，术前需通过影像学诊断判断肿瘤的生长部位、大小、侵犯程度、是否累及周围组织器官，来制定合理的手术方案。
1、广泛性、根治性切除术：到目前为止，绝大多数的国内外学者认为早期发现并彻底切除是治疗骨的恶性纤维组织细胞瘤最有效的方法。目的是为了切除肿瘤病变组织，防止肿瘤侵袭周围更大的组织以及转移定植危及生命。
2、截肢手术：如果肿瘤侵犯过于广泛，包括侵犯重要的血管、神经、骨关节等，应行截肢手术。
三、放射治疗
放疗的目的是使用射线照射肿瘤，使肿瘤坏死分解，控制病情。目前放射治疗已成为手术治疗骨的恶性纤维组织细胞瘤时，无法完全切除或不能保证切缘阴性的情况下，重要的辅助治疗手段。多个研究结果显示，手术治疗辅助放射治疗手段(术前或术后)与单纯手术治疗手段相比，患者的局部复发率得到明显改善。