肝移植其主要的适应症是进行性、不可逆性和致死性终末期肝病，没有其他有效的临床治疗方法。其主要是包括先天性胆道闭锁，肝豆状核变性，抗胰蛋白酶缺乏症，糖原积累症，血红蛋白沉积症，多囊肝病毒性和酒精性肝硬化，暴发性肝功能衰竭，难复性肝外伤等。而一些恶性肿瘤也可以考虑进行肝移植，主要是早期原发性肝癌，但是应当严格掌握标准。目前的标准包括米兰标准和我国的杭州标准。