穿通性毛囊炎无特效治疗方法。局部角质剥脱剂和维A酸对本病可有效，但不能终止其他部位新疹的发生，系统应用异维A酸和P长波紫外线照射治疗有用。
一、药物治疗
1、局部用药：
（1）水杨酸软膏：为消毒防腐药物，也具有角质剥的作用，外用于此病患处，避免接触眼睛和其他黏膜(如口、鼻等)，不得用于皮肤破溃处，对本品过敏者禁用。
（2）0.1%维A酸乳膏：具有调节上皮细胞及其他细胞的生长与分化的作用，可外用于患处，具有一定的治疗效果，孕妇及备孕期禁用。
2、系统用药：异维A酸，具有调节上皮细胞及其他细胞的生长与分化的作用，对此病的治疗具有一定的效果。
二、手术治疗
穿通性毛囊炎通常无需进行手术治疗。
三、物理治疗
1、长波紫外线治疗(PUVA)：为光疗法，具有促进皮肤对炎症的吸收，加速皮肤愈合的作用，对此病的治疗效果也较为良好。
2、冷冻疗法：多使用液氮冷冻疗法，可使得病变组织坏死，等待正常组织重新生长，以达到治疗的目的，临床也有不少患者采用。