脑血栓最常见的大动脉粥样硬化型血栓形成，常常需要使用抗血小板的药物，如阿司匹林；调脂类药物，如阿托伐他汀、瑞舒伐他汀调脂。
患者还要控制危险因素，比如高血压、高血糖、高同型半胱氨酸血症、高尿酸血症，用相应的药物。例如控制血压类药物五大类：β受体阻滞剂、利尿剂、ACEI类，ARB类还有钙离子拮抗剂，可以选择适合的降压药。
调血糖可以用阿卡波糖、格列美脲、恩格列净、二甲双胍和相应的胰岛素治疗来配合。高同型半胱氨酸血症需要吃维生素B6、叶酸，并且多食蔬菜，可以降低同型半胱氨酸。高尿酸血症可以适当喝水，可以吃非布司他和相应的降尿酸药物，并节制饮食。