在临床上一般用于治疗病毒性肠炎的药物，主要有两种，成人常用的是奥司他韦，小儿一般给予利巴韦林颗粒，这几类药物在治疗病毒性肠炎上比较常用。但是病毒性肠炎有自限性的特点，也就是在治疗过程中一般一周左右，疾病就可以自行痊愈。
所以，在治疗上一般主要采取的是对症治疗的方法，比如利用止吐或止泻药物，针对患者出现了呕吐或者腹泻的症状。如果患者出现脱水，一般就给予口服补液，或者是静脉补液的方式，同时口服益生菌类的药物调节肠道菌群。