大肠埃希杆菌肺炎的病因较为明确，为大肠埃希杆菌感染。大肠埃希杆菌是人体肠道的正常菌群，通常不会引起疾病，但是在机体免疫防御功能下降的情况下可侵入肺部，引起炎症性肺部感染。
一、主要病因
大肠埃希杆菌感染：大肠埃希杆菌在免疫力低下的人群中可引发感染，主要的感染方式是吸入寄生在口咽部的大肠埃希菌后侵入肺部引发炎症反应。腹腔部感染的细菌也可以通过血液运输至肺部引起大肠埃希杆菌肺炎。除免疫力底下者外，危重病患者也易引发此疾病。
二、诱发因素
1、药物：长期使用广谱抗生素和免疫抑制剂会使得机体的抵抗力下降，正常菌群失调，易患此病。
2、院内感染：大肠埃希杆菌肺炎是医院内获得性肺炎的主要病原菌之一。