肾小管间质损伤包括急性间质性肾炎和慢性间质性肾炎，有条件的情况下，如果病人病情允许应该进行肾穿刺活检，明确肾间质损伤的程度以及损伤的部位，决定明确的治疗方案。
治疗上对于药物引起的急性间质性肾炎，可以考虑激素与免疫制剂，一般短期使用后的10-14天会产生明显的效果。治疗过程中病情不缓解时可以进行血液净化治疗。
对于慢性间质性肾炎，需要进行病因治疗，要停止导致慢性间质损伤的药物，解除梗阻和处理各种诱发因素，治疗慢性间质性肾炎引起的高血压、贫血及肾功能不全等，必要时进行肾脏替代治疗。