男性慢性尿路感染主要表现为排尿困难、尿线细，部分病人会间断出现尿道分泌物，常常会出现尿道发痒或尿道刺痛症状。女性病人发生慢性尿路感染时会出现腰酸、腰痛症状，是由于长期反复下尿路感染，引起上尿路感染，导致的腰痛症状。部分病人还会出现肾脏损害，出现慢性肾盂肾炎症状。慢性尿路感染病人常合并尿路梗阻或尿路畸形，当病人出现尿路梗阻时还会出现肾积水现象，常会合并发热症状。