多囊肾的肾脏超声检查，可以看到患者的双侧肾脏体积明显增大，双侧肾脏的大小可以不对称。肾脏的主要改变是多个囊肿的形成，皮质和髓质部分都存在多发性的液性囊肿，直径从数毫米至数厘米不等。囊肿的大小、数目和患者的病程有关，一般随着病程的进展是逐渐增加的。
多囊肾患者的肾脏超声，还可以看到多个囊肿之间的血流分布杂乱，肾动脉血流减少及肾实质血流欠丰富，肾脏血流的阻力指数检测是增高的。