C14呼气试验的临床意义是主要用于检测患者是否有幽门螺旋杆菌感染，能够避免因幽门螺杆菌感染而引起胃癌、胃溃疡、胃炎等上消化系统疾病。
另外，由于幽门螺旋杆菌是革兰氏阴性菌，是引起胃炎的主要致病菌。通过C14呼气试验，若是为阳性，医生可根据结果及时进行进一步检查诊断及治疗，以尽快缓解患者的不适，具有一定临床意义。