中毒性巨结肠是一种罕见的肠胃疾病，目前尚不清楚其确切的发病机制，可能由于其他肠胃疾病，如感染性结肠炎造成。中毒性巨结肠好发于溃疡性结肠炎患者、克罗恩病患者、假膜性结肠炎患者，药物、特殊检查等因素容易诱发。
一、主要病因
1、炎症性肠病因素：炎症是中毒性巨结肠最终形成的重要因素之一，通过侵犯人体黏膜下层而向肌层和浆膜发展。溃疡性结肠炎是造成患者患病重要原因，该症属于炎症的一种，其特点是炎症反应局限于黏膜表面。但是当肠胃溃疡后，炎症可能会深入平滑肌层面，并逐渐破环人体内细胞，最终导致中毒性巨结肠的发生。
2、感染性肠炎因素：感染性肠炎有很多种类别，如细菌性、病毒性、寄生虫性，感染性因素多是外界物质侵犯人体肠胃导致疾病发生。当上述三种类别物质侵入人体后，将引起肠黏膜上皮屏障破坏、细胞死亡，进而导致人体内某些物质失衡，水电解质紊乱，引起结肠的炎症反应。进而导致正常的肠胃功能无法实现，最终使人体错误吸收细菌、病毒等物质，造成疾病发生。
3、其他因素：与炎症性和感染性因素有关，但是其发病过程、发病机理又有别于上述两种因素。目前已知的导致中毒性巨结肠的其他因素有卡波西肉瘤(多病灶恶性新生血管增生症)，医源性假膜性肠炎、肠扭转、缺血性肠炎、憩室炎、结肠癌性肠梗阻等。
二、诱发因素
1、疾病：炎症性肠病和感染性结肠炎这类严重的炎症破坏了正常肠道的神经，与肌肉调节机制肠腔内压力，使肠腔壁扩张超过其正常活动度，使患者患上中毒性巨结肠。
2、药物：某些抑制胃动力的药物，抗胆碱能、抗腹泻药物降低肠肌张力，抑制肠运动也会诱发中毒性巨结肠。
3、特殊检查：钡剂灌肠或纤维肠镜检查过程中气体注射或导管操作失误也可能导致该疾病。