奋森咽峡炎的治疗原则为药物治疗，局部治疗，改善疼痛、吞咽困难等症状，必要时可行手术治疗。
一、药物治疗
奋森咽峡炎用青霉素治疗有效。局部可用复方硼砂液、1%双氧水或1∶5000高锰酸钾液漱口，或拭去溃疡面上的假膜后，用10%硝酸银烧灼溃疡面，易于愈合。
二、手术治疗
如扁桃体处溃疡膜性炎症反复发作，应选择时机行扁桃体切除术。
三、其他治疗
本病有传染性，要注意隔离，对原发病须给予同时治疗。