附件囊肿的治疗与囊肿大小及性质、症状轻重、患者年龄、生育要求等密切有关。5cm以下的囊中一般不需要特别处理，可自行消失或只需药物保守治疗。若囊肿超过5cm，需要及时采取治疗措施，以便明确诊断和治疗方案。
一、药物治疗
对于无手术指征的附件囊肿，可采取药物保守治疗。
1、避孕药物：抑制排卵的避孕药物，如雌激素与孕激素的复方制剂，虽然不能囊肿消失，但是可以防止卵巢囊肿反复发生。
2、非甾体类抗雌激素药物：如三苯氧胺，可以加速孕激素的形成，避免上皮细胞的增生，实现治疗的目标，有效改善症状。
3、孕激素拮抗剂：如米非司酮，可以抑制雌激素水平，达到治疗目的，该药物可应用于巧克力囊肿中。
4、促性腺激素释放激素激动剂：可以降低雌激素含量，使囊肿缩小。该药物主要用于卵巢巧克力囊肿的患者。
5、抗生素：盆腔炎患者，应当积极使用抗生素控制感染，可以从根本上解决感染引起的附件囊肿。
二、手术治疗
对于囊肿在5cm及以上的患者建议手术治疗，如传统开腹手术、阴式手术，以及腹腔镜手术等，减少并发症的发生，明确病理良恶性。
三、中医治疗
中医治疗卵巢囊肿包括内治法与外治法，内治法采用活血化瘀与温经止痛药物，外治法包括针灸、理疗等方法。