新型冠状病毒感染最早发现于2019年12月29日，湖北省和武汉市卫生部门接到当地一家医院报告聚集性不明原因肺炎病例，4名患者均为华南海鲜批发市场从业人员。
12月30日湖北省和武汉市卫生部门启动调查和病例搜索工作。12月31日国家卫生健康委和中国疾控中心介入调查应对工作，同日武汉市政府向社会发布疾病暴发信息。1月8日确认新型冠状病毒为此次暴发的病原。