肠镜的消毒过程是非常复杂的过程，肠镜的清洗需要经历几个环节：首先是用清水把用过的肠镜先清洗一遍，污物用清水冲洗会被洗掉大多数；其次经历酶洗，即在洗衣液中加入一种酶，这种酶对人体的蛋白、细胞以及其它的物质，有充分的溶解作用，过后需要用清水冲洗；然后放入自动消毒机，消毒机上配备有规定的管道刷，可以对冲洗管和吸水管的管道进行清理；然后还要第二次酶洗，最后再放进消毒机里。
整个过程大概需要经历4-5遍的不同形式的消毒，还要经过高压气枪吹干，消毒非常干净，不会导致疾病的传播，也不会有什么脏东西，因此来说肠镜消毒很彻底。