肝内胆管结石的治疗需要根据结石的数量、分布、有无梗阻、有无反复出现胆管炎，或是怀疑胆管癌变但情况综合分析。少量、终末小胆管的结石，而又没有症状的，可以不需要治疗。注意平时不要劳累受凉，进食过多油腻食物即可。而出现有明显梗阻症状，或是有癌变的结石，则需要考虑行手术（包括胆道探查、肝叶切除、胆管整形、胆肠内引流等等）。