头痛、眼睛痛最有可能是青光眼急性发作，这时除了头痛、眼睛痛以外，还会出现视物模糊、瞳孔散大等。需要到眼科测量眼压，应用降眼压的药物，并评估是否具备急诊手术的指征。除此之外，能引起头痛、眼睛痛的神经系统疾病还包括丛集性疼痛、痛性眼肌麻痹，以及海绵窦血栓等等。丛集性疼痛会出现一侧眼眶周围的剧烈疼痛，有时会伴有结膜充血、眼睑下垂和流泪等情况。痛性眼肌麻痹一般会伴有同侧动眼神经的麻痹以及头痛的症状，这时可能需要激素来缓解。海绵窦血栓不但出现头痛、眼睛痛，还会出现上睑下垂以及滑车神经损伤和面部麻木、疼痛等症状，需要做海绵窦的CT来进行确诊，然后给予抗炎治疗。